การเรียนในสาขาวิชาเทคโนโลยีชีวภาพ นอกจากจะต้องมีวิทยาศาสตร์ทั่วไปเป็นพื้นฐาน ซึ่งจะเรียนรวมกันกับนศ.จากคณะอื่นๆ ในช่วงปีที่ 1 ต่อเนื่องไปจนกระทั่งปีที่ 2 ภาคการศึกษาปลาย ก็จะเริ่มเรียนวิชาเฉพาะทางเทคโนโลยีชีวภาพ เน้นทั้งในด้านทฤษฎีและปฏิบัติ เช่น จุลชีววิทยา พันธุวิศวกรรม วิศวกรรมกระบวนการชีวภาพ เทคโนโลยีชีวภาพทางพืช และเทคโนโลยีชีวภาพทางอาหาร รวมทั้งจัดให้มีการศึกษาและปฏิบัติ ในหน่วยงานวิจัยและโรงงานอุตสาหกรรมจริง ทั้งในการเรียนภาคปกติและการฝึกงานภาคฤดูร้อน เพื่อส่งเสริมให้ผู้เข้าศึกษามีความรู้และประสบการณ์มากขึ้น

และในภาคการศึกษาสุดท้ายก่อนจบหลักสูตร นักศึกษาทุกคนจะต้องทำโครงการวิจัยของตนเองตามความสนใจ ซึ่งอาจจะเป็นในห้องปฏิบัติการต่างๆ ภายในภาควิชาฯ หรืออาจเป็นการทำวิจัยในหน่วยงานรัฐ หรือการวิจัยเพื่อแก้ปัญหาในโรงงานอุตสาหกรรมที่ได้เคยไปฝึกงานมา หรือไปทำวิจัยในต่างประเทศตามที่ภาควิชาฯได้มีความร่วมมือแลกเปลี่ยน เป็นต้น